箱庭学园一年级生的少女黑神目泷——完美的学生会长，根据选举公约设置了意见箱，和青梅竹马人吉善吉、阿久根高贵、喜界岛枫夏等一起解决学生问题的同时，逐渐接触了由箱庭学园理事长不知火袴所创立的“玻璃瓶计划”——希望聚集异常者而制造出“可以成为天才”的技术。