寇克上将虽然战胜了可汗并建立了创世星，但一切胜利皆徒然。因为他好友斯波克无故身亡，而麦考伊亦莫名其妙地变得精神失常。斯波克的父亲沙瑞克并透露了一个惊人的消息，原来麦考伊正窝藏冼的躯壳，寇克面对两名挚友一殁一存，且两人都受尽苦楚，因此矢志要拯救两位好友，决定盗用企业号去突破创世星封锁区，跟敌军展开殊死之战。