1991年6月29日（土）に东宝系にて剧场公开作品。TV版のラストから3年后のストーリー。テレビ版から続投するのはナディアとジャン、グランディス、サンソン、ハンソンの5人だけであり、マリーやキング、エアトン、エレクトラを始めとするノーチラス号乗组员はナディアの回想シーン以外では登场しない。この回想シーンは映画序盘で断続的に30分ほど続き、作画はテレビ版の流用である。TV版最终回で存在が明らかになった、エレクトラとネモ船长の子供も登场しない。当初はガイナックスが制作する予定だったが、监督の庵野秀明はテレビ版で燃え尽きたとして担当せず、プロットとキャラクターデザインを作った段阶でガイナックスは予算を使い果たしてなお完成させることができず、残りをグループ・タックが制作した。ガイナックスはプロットとデザインの他、剧中のテレビ版のダイジェストの编集のみを担当。そういったドタバタが灾いしてか、映画自体は高い评価は得られなかった。武田康广の回想録によれば、このときグループ・タックに踏み倒した格好の5000万円が返済されるのは『新世纪エヴァンゲリオン』のヒット以降になる。