邪恶组织GOD机关看中了神敬太郎博士的人类工学技术，逼迫其加入，教授拒绝而遭袭击，儿子神敬介也被杀害，身受重伤的父亲为了让儿子复活，不顾自己的伤势，亲自执刀为儿子进行改造手术敬介醒来后，父亲已死，透过计算机留言，敬介了解GOD机关欲危害世界的阴谋，于是背负起对抗邪恶组织GOD机关的责任，成为第五位的假面骑士——X。