第四次非核大战一年后的2027年在还留有战争痕迹的新滨市发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件雨幕中公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后但是追查这起案件的并非只有草薙一人拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙此外「501机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动为了寻找自身的未来与理想草薙的本能将自此觉醒ARISE……