2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の剧场版2部作の后编。2009年にロングランヒットを记録した前编「剧场版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが织りなすドラマを描く。前编と同じ、テレビ版の総监督を手がけた河森正治が监督を务める。